10月25日至31日,第十五屆國(guó)際基因組學(xué)大會(huì)(ICG-15)在中國(guó)武漢隆重召開。作為組學(xué)領(lǐng)域最有影響力的年度會(huì)議之一,ICG-15共設(shè)22個(gè)分論壇,來自21個(gè)國(guó)家的160多位科學(xué)家(包括13位中國(guó)科學(xué)院或工程院院士)通過線上、線下兩大渠道,帶來一場(chǎng)頂級(jí)學(xué)術(shù)盛宴。
10月27日,由深圳國(guó)家基因庫(kù)承辦的“大數(shù)據(jù)分析與生物樣本庫(kù)”(Ⅲ-1)和“未來農(nóng)業(yè)、未來食品與全球發(fā)展”(Ⅲ-5)兩場(chǎng)分論壇舉行,13位國(guó)內(nèi)外知名資深專家受邀出席,以專題報(bào)告分享最新科研成果、權(quán)威應(yīng)用經(jīng)驗(yàn)及獨(dú)到的行業(yè)洞見,串聯(lián)基因組技術(shù)、大數(shù)據(jù)技術(shù)和未來農(nóng)業(yè),發(fā)掘生命科學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、未來農(nóng)業(yè)研究的創(chuàng)新機(jī)遇。
上圖:深圳國(guó)家基因庫(kù)承辦的分論壇現(xiàn)場(chǎng)
在此期間,國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb)重磅發(fā)布生命大數(shù)據(jù)可信計(jì)算平臺(tái)CODEPLOT,將生命大數(shù)據(jù)的安全共享和利用轉(zhuǎn)化帶上了一個(gè)新臺(tái)階。
“大數(shù)據(jù)分析與生物樣本庫(kù)”論壇
“大數(shù)據(jù)分析與生物樣本庫(kù)”(Ⅲ-1)于上午8:35正式開始。首先,分論壇聯(lián)合主席、中國(guó)科學(xué)院微生物研究所微生物資源與大數(shù)據(jù)中心主任馬俊才進(jìn)行了開場(chǎng)致辭,他對(duì)與會(huì)嘉賓的到來表示熱烈歡迎,指出大樣本、大數(shù)據(jù)背景下的科學(xué)研究正面臨新挑戰(zhàn),希望通過本次分論壇的跨領(lǐng)域交流,和與會(huì)專家們共同發(fā)掘生物樣本庫(kù)、大數(shù)據(jù)分析技術(shù)等方面的融合創(chuàng)新方向。
中國(guó)科學(xué)院計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)信息中心科學(xué)數(shù)據(jù)中心主任黎建輝教授以《開放共享的數(shù)據(jù)規(guī)則、政策和實(shí)踐》為題,介紹了全球開放數(shù)據(jù)政策和FAIR數(shù)據(jù)原則,并分享了一些值得借鑒的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。
日本國(guó)家遺傳學(xué)研究所DDBJ中心數(shù)據(jù)庫(kù)部負(fù)責(zé)人Yasukazu Nakamura教授作以《DDBJ和INSDC》為題,介紹了目前DDBJ以及INSDC的核苷酸序列產(chǎn)出、互通和數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)情況。
生物芯片上海國(guó)家工程研究中心主任郜恒駿教授在《以樣本為基石的新型臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)CBDTM模式:19年探索》報(bào)告中,分享了生物芯片上海國(guó)家工程研究中心創(chuàng)立19年來所踐行的的CBDTM發(fā)展宗旨與模式,指出該模型與臨床轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的整合極大地推動(dòng)了新型臨床醫(yī)學(xué)的學(xué)科建設(shè)和個(gè)性化精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展。
默多克大學(xué)高級(jí)講師王鵬浩博士以《基因型與環(huán)境數(shù)據(jù)相結(jié)合精確預(yù)測(cè)大麥表型》為題,介紹了其團(tuán)隊(duì)利用小麥基因型和環(huán)境多因素建立的GxE模型,指出從原理上講,該模型有助于培育高產(chǎn)量的作物品種,并對(duì)作物的關(guān)鍵表型發(fā)育情況進(jìn)行準(zhǔn)確預(yù)測(cè)。
英特爾公司首席工程師兼解決方案架構(gòu)師Michael J. McManus博士以《基因組學(xué)將改變健康的3種方式》為題,介紹了新生抗原在癌癥治療中的應(yīng)用、組織基因組學(xué)及其在精準(zhǔn)醫(yī)療中的創(chuàng)新實(shí)踐、基因組技術(shù)在對(duì)抗COVID-19大流行中的作用。
GigaScience、GigaByte雜志主編Scott Edmunds博士以《GigaByte:發(fā)布大規(guī)?;蚪M的新平臺(tái)》為題,從數(shù)據(jù)出版的視角介紹了GigaByte如何幫助科研人員快速簡(jiǎn)便地分享研究成果,高效展現(xiàn)大數(shù)據(jù)研究的持續(xù)進(jìn)展,促進(jìn)數(shù)據(jù)、軟件、計(jì)算工作流等的再利用。
CNGBdb重磅發(fā)布生命大數(shù)據(jù)可信計(jì)算平臺(tái)CODEPLOT
“大數(shù)據(jù)分析與生物樣本庫(kù)”論壇上,國(guó)家基因庫(kù)生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb)重磅發(fā)布生命大數(shù)據(jù)可信計(jì)算平臺(tái)CODEPLOT(https://db.cngb.org/codeplot/)。國(guó)家基因庫(kù)副研究員丁遠(yuǎn)彤博士以《可信環(huán)境下的計(jì)算平臺(tái)》為題,詳細(xì)介紹了CODEPLOT的具體功能及使用場(chǎng)景。
上圖:丁遠(yuǎn)彤博士介紹CODEPLOT
CODEPLOT是一個(gè)集可信計(jì)算環(huán)境和多元化在線分析工具于一體的生命大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),也是國(guó)內(nèi)首個(gè)將數(shù)據(jù)加密、區(qū)塊鏈、安全多方計(jì)算、基因安全容器虛擬化等最新安全策略應(yīng)用于生命大數(shù)據(jù)分析利用和合作共享的平臺(tái)。該平臺(tái)以數(shù)據(jù)匯交模塊存儲(chǔ)的海量數(shù)據(jù)為支撐,以靈活工作空間管理模式為核心,同時(shí)提供多元化分析工具,全面打通各科研機(jī)構(gòu)之間的數(shù)據(jù)孤島,突破數(shù)據(jù)分析門檻,提升數(shù)據(jù)利用率,促進(jìn)重大科研項(xiàng)目合作共享及成果轉(zhuǎn)化。
CODEPLOT由CNGBdb團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)開發(fā),由華大磐石提供安全相關(guān)的技術(shù)支持。CODEPLOT的正式發(fā)布獲得現(xiàn)場(chǎng)及線上專家的廣泛認(rèn)可及關(guān)注,其正式上線意味著生命大數(shù)據(jù)的安全共享和利用轉(zhuǎn)化上了一個(gè)新臺(tái)階。
上圖:生命大數(shù)據(jù)可信計(jì)算平臺(tái)CODEPLOT
“未來農(nóng)業(yè)、未來食品與全球發(fā)展”論壇
晚上19:00,“未來農(nóng)業(yè)、未來食品與全球發(fā)展”(Ⅲ-5)論壇正式開始,聯(lián)合國(guó)糧食及農(nóng)業(yè)組織首席科學(xué)家Ismahane Elouafi博士進(jìn)行了精彩的開場(chǎng)致辭,她表示快速發(fā)展的基因測(cè)序和組學(xué)技術(shù)為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)力及營(yíng)養(yǎng)質(zhì)量提升提供了全新的解決方案,本次分論壇的舉行對(duì)于促進(jìn)可持續(xù)目標(biāo)下的未來農(nóng)業(yè)發(fā)展有重要意義。
隨后,加州大學(xué)戴維斯分校食品科學(xué)與技術(shù)系食品健康研究所主任、“食物元素周期表”計(jì)劃 (PTFI)首席科學(xué)家Bruce German博士和加州大學(xué)戴維斯分校農(nóng)業(yè)與環(huán)境科學(xué)學(xué)院高級(jí)研究員Howard Shapiro博士針對(duì)PTFI及其國(guó)際合作做了詳細(xì)報(bào)告。
PTFI是洛克菲勒基金會(huì)于2019年發(fā)起的一項(xiàng)全球計(jì)劃,旨在建立一個(gè)食物生化成分和功能的公共數(shù)據(jù)庫(kù),加速未來農(nóng)業(yè)和未來食品的研究和創(chuàng)新,解決生物多樣性喪失、土壤健康下降、兒童營(yíng)養(yǎng)不良、食物過敏、疾病等全球農(nóng)業(yè)和健康問題。
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院(深圳)農(nóng)業(yè)基因組研究所研究員黃張春芝博士以《利用基因組學(xué)工具重新設(shè)計(jì)基因及馬鈴薯生產(chǎn)》為題,展示了“優(yōu)薯計(jì)劃”相關(guān)科研成果,利用基因組學(xué)和合成生物學(xué)技術(shù),對(duì)馬鈴薯育種和繁殖方式進(jìn)行顛覆性創(chuàng)新,實(shí)現(xiàn)二倍體馬鈴薯育種,引領(lǐng)馬鈴薯產(chǎn)業(yè)綠色革命。
深圳國(guó)家基因庫(kù)主任、分論壇主席王韌博士發(fā)表《深圳國(guó)家基因庫(kù):資源保藏、基因數(shù)字化、組學(xué)大數(shù)據(jù),助力未來糧食、農(nóng)業(yè)發(fā)展》主題報(bào)告,介紹了國(guó)家基因庫(kù)三庫(kù)兩平臺(tái)(生物樣本資源庫(kù)、生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)、生物活體庫(kù)、數(shù)字化平臺(tái)、合成與編輯平臺(tái))的業(yè)務(wù)架構(gòu),以及以此為基礎(chǔ)推出的生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb),并著重闡述了國(guó)家基因庫(kù)在支撐農(nóng)業(yè)資源保藏、促進(jìn)信息數(shù)字化、推動(dòng)數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)及分析工具開發(fā)等方面的國(guó)際合作進(jìn)展與成果。
他指出,長(zhǎng)期以來,國(guó)家基因庫(kù)將測(cè)序數(shù)字化作為對(duì)包括種子資源在內(nèi)的各種農(nóng)業(yè)遺傳資源進(jìn)行永久保藏和可持續(xù)利用的重要手段,將生物樣本與組學(xué)數(shù)據(jù)貫穿起來。這一獨(dú)特范式有利于深入開展科學(xué)研究、持續(xù)探索農(nóng)業(yè)遺傳資源的核心秘密,對(duì)于未來農(nóng)業(yè)和未來食品的可持續(xù)發(fā)展將起到不可限量的基礎(chǔ)作用。
上圖:王韌博士做主題演講
最后,王韌博士代表深圳國(guó)家基因庫(kù)對(duì)各位與會(huì)嘉賓的到來再次表示感謝,并展望了未來農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展方向,期待更多具有世界領(lǐng)先水平的重大科學(xué)發(fā)現(xiàn)和原創(chuàng)性的技術(shù)突破引領(lǐng)未來農(nóng)業(yè)創(chuàng)新發(fā)展。
在由深圳國(guó)家基因庫(kù)承辦的“大數(shù)據(jù)分析與生物樣本庫(kù)”(Ⅲ-1)和“未來農(nóng)業(yè)、未來食品與全球發(fā)展”(Ⅲ-5)兩場(chǎng)ICG-15分論壇上,與會(huì)的國(guó)內(nèi)外專家就數(shù)據(jù)安全與共享、大數(shù)據(jù)/基因組技術(shù)創(chuàng)新實(shí)踐、未來農(nóng)業(yè)發(fā)展新模式建言獻(xiàn)策,在現(xiàn)場(chǎng)及線上的千余位專家、來賓中引發(fā)了強(qiáng)烈反響和熱烈討論。兩場(chǎng)分論壇的成功舉辦,為多領(lǐng)域交叉融合搭建了一座高水準(zhǔn)、國(guó)際化的溝通交流平臺(tái),有效助推大數(shù)據(jù)賦能生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、農(nóng)業(yè)創(chuàng)新發(fā)展。
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