北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院陸劍課題組和中國科學(xué)院上海巴斯德研究所崔杰課題組合作撰寫的論文《SARS-CoV-2的起源與持續(xù)進(jìn)化》，日前發(fā)表在由中國科學(xué)院主辦的英文綜合性期刊《國家科學(xué)評論》上，對新冠病毒基因組的演化動態(tài)進(jìn)行深入研究和解讀。該研究最早提出了新冠病毒存在兩個主要譜系，從基因組水平上加深了我們對這種新型病毒的認(rèn)識，對新冠肺炎疫情的臨床診斷具有重要參考價值。
陸劍課題組與崔杰課題組通過對新冠病毒和近緣病毒進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析，發(fā)現(xiàn)新冠病毒雖然與蝙蝠冠狀病毒RaTG13的基因組總體差異較小，但其基因組內(nèi)中性進(jìn)化位點的差異高達(dá)17%，表明新冠病毒在進(jìn)化過程中經(jīng)歷了非常強(qiáng)的自然選擇。通過對新冠病毒和來自馬來穿山甲的冠狀病毒的核苷酸比較，推測新冠病毒與其分歧事件并非近期發(fā)生，也說明新冠病毒的起源可能更為復(fù)雜。
陸劍課題組與崔杰課題組通過對當(dāng)時公共數(shù)據(jù)庫中僅有的103個新冠病毒基因組全序列進(jìn)行分子演化系統(tǒng)分析，首次發(fā)現(xiàn)依據(jù)兩個高度連鎖的突變位點(分別位于參考基因組的第8782和28144位)，可以把新冠病毒主要分為“L”和“S”兩個譜系，因基因組28144位突變對應(yīng)的氨基酸分別是亮氨酸(L)和絲氨酸(S)而得名。在103個新冠病毒樣品中，72個為“L”譜系，29個為“S”譜系;在另外2個樣品中，1例可能是L和S譜系的混合體，而另1例由于發(fā)生了突變而不屬于這兩個譜系。雖然“L”譜系比“S”譜系更為普遍，但是進(jìn)一步分析表明，“S”譜系更接近在蝙蝠和穿山甲體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的病毒，提示“S”更為古老。他們的數(shù)據(jù)分析還表明，新冠病毒的L和S兩個譜系不是新近由于堿基發(fā)生變化而產(chǎn)生的，而是在病毒暴發(fā)的早期可能就已經(jīng)存在了。陸劍介紹，“我們的研究從分子演化的角度加深了對新冠病毒的認(rèn)識”。
“我們之前的研究是根據(jù)當(dāng)時103個新冠病毒基因組全序列進(jìn)行分子演化系統(tǒng)分析，得出了初步的階段性結(jié)果;下一步我們還要連點成線，并結(jié)合臨床數(shù)據(jù)和流行病學(xué)結(jié)果開展深入研究。”陸劍課題組正在深入研究新冠病毒序列在世界范圍內(nèi)的變化趨勢，并與廣州醫(yī)科大學(xué)、武漢大學(xué)相關(guān)團(tuán)隊展開合作，將進(jìn)化分析與臨床數(shù)據(jù)相結(jié)合，做進(jìn)一步研究。“我們希望和病毒學(xué)家、臨床大夫等更多領(lǐng)域的科研工作者進(jìn)一步合作，結(jié)合更多的基因組數(shù)據(jù)、臨床信息及實驗數(shù)據(jù)來更好地了解病毒，在充分認(rèn)識病毒的基礎(chǔ)上尋求最佳的治療方法，服務(wù)于科學(xué)的抗疫政策的制定，最終戰(zhàn)勝疫情。”陸劍說。
